Baltasar Rodriguez opened the scoring for the visitors just before half-time, and Argentina captain Messi, 38, doubled his side’s advantage in the 74th minute.
Former Liverpool and Barcelona striker Luis Suarez netted a penalty before Messi scored his 24th goal in 23 matches to seal the victory.
«We are happy because now we are officially qualified for the play-offs. That was very important for us. Now we have to continue moving forward,» said head coach Javier Mascherano.
Messi’s double took his goals haul to five in nine days. He has scored two or more goals in eight of the past 12 Inter Miami matches.
Miami, who sit third in the Eastern Conference, are five points behind leaders Philadelphia Union with two games in hand.
The team with the best regular season record win the MLS Supporters’ Shield, while the winner of the play-offs wins the MLS Cup.
Con una buena profundidad de plantilla tras su fortalecimiento del verano, se imaginarán que tienen posibilidades de al menos repetir esa racha hasta los últimos cuatro esta temporada.
En este partido el aspecto fue diferente, con Arteta realizando nueve cambios respecto del empate 1-1 del domingo con el Manchester City.
Eso quizás jugó un papel en sus dificultades para conseguir un segundo gol después del temprano gol inicial de Eze, y a pesar de todo su dominio de la pelota, no crearon demasiadas oportunidades antes de que el suplente Trossard asegurara que no habría un drama tardío.
Eze estará encantado de comenzar con el pie derecho tras regresar al club, pero Mikel Arteta cree que el fichaje de 60 millones de libras tiene más para ofrecer.
«Jugó muy centrado contra un equipo súper compacto por dentro. No es fácil encontrar espacios, pero es muy hábil con el balón», dijo Arteta.
«Necesita jugar un poco más de tiempo con esos muchachos para entender los tiempos, especialmente las cosas que necesita hacer y luego acciones como esa serán más consistentes y mejores para nosotros.