Leo Scienza había puesto a los Saints por delante en la primera mitad, en un partido en el que los tres goleadores encontraron el gol por primera vez en el fútbol inglés.
El equipo de Will Still terminó el partido con 10 hombres después de que Welington fuera expulsado por juego sucio grave en el tiempo añadido.
Después de que el mal tiempo impidiera que los Rovers de Valerien Ismael consiguieran su primera victoria en casa de la temporada cuando ganaban 1-0 a 10 minutos del final contra Ipswich en septiembre, el alivio en Ewood Park al final del partido era palpable.
Con este resultado, los Rovers salen de los últimos tres puestos y ascienden al puesto 21, arrastrando a sus oponentes a más problemas mientras el Southampton cae al puesto 20.
Ambos equipos habían sufrido derrotas por 3-1 en la semana, y solo el Sheffield Wednesday, afectado por la administración, estaba por debajo de los anfitriones en la tabla al inicio del partido.
El delantero del Southampton Adam Armstrong, que aún no ha marcado contra su antiguo empleador, los Rovers, en cinco intentos, se combinó bien con Finn Azaz desde el principio para asistir a Cameron Archer y fue necesario un bloqueo importante de Balazs Toth en el arco local para mantener el juego sin goles.
En el otro extremo, Taylor Gardner-Hickman estrelló el balón directamente en el palo tras un córner, y Yuki Ohashi recibió un bloqueo dentro del área de Joshua Quarshie.
El primer gol llegó de un error en la línea defensiva del Rovers: un pase mal ubicado permitió a Scienza interceptar la posesión y el brasileño mantuvo la calma para rematar con el pie izquierdo su primer gol desde que se mudó a la costa sur procedente del equipo alemán Magdeburg en el verano.
Blackburn salió más fuerte después del descanso y Ohashi encontró a otro jugador de los Saints entre él y la red en la forma del portero visitante Alex McCarthy, quien estuvo atento para negarle el gol al delantero desde dentro del área de seis yardas.
Ryoya Morishita también desperdició una buena oportunidad de igualar cuando disparó desviado cuando estaba uno contra uno con McCarthy, mientras que en el otro extremo, Toth le negó el gol a Armstrong dos veces, la segunda vez usando los pies para desviar el balón al poste.
Unos frenéticos últimos quince minutos vieron al Rovers arrebatar la victoria de las fauces de otra derrota en casa, empezando por el lateral derecho Alebiosu, cuyo primer gol en el fútbol absoluto llegó tras un centro directo desde la derecha que eludió a todos y se coló en la esquina.
Diez minutos más tarde, los Rovers tenían los tres puntos en sus manos cuando Gudjohnsen disparó superando a McCarthy después de que el portero le hubiera negado un remate a Ryan Hedges desde corta distancia.
Al encontrar el gol, Gudjohnsen logró lo que su padre Eidur nunca pudo durante su carrera profesional, un gol en Ewood Park.
Los malos últimos minutos del Southampton empeoraron cuando el suplente Welington recibió una tarjeta roja por darle un codazo a Gudjohnsen, el jugador que había ganado el partido, en el círculo central.
‘Todos dieron un paso adelante en la segunda mitad’
El entrenador del Blackburn, Valerien Ismael, declaró a BBC Radio Lancashire:
Es una gran sensación ganar en casa. Quiero reconocer el mérito de los jugadores por su actuación en la segunda parte. Fue justo lo que buscábamos: pasión, ganas y fe. Remontamos y obtuvimos la recompensa gracias a la gran mentalidad de los jugadores.
No estuve satisfecho con la primera parte y se lo dije en el descanso, porque no era lo que queríamos ni como habíamos jugado los dos últimos partidos. Deberíamos haber marcado antes.
«Todos dieron un paso al frente en la segunda mitad y volvimos al nivel de rendimiento que buscábamos. Es fantástico que Ryan y Andri también hayan marcado sus primeros goles».
Hoy nos demostró lo que debemos mejorar. Creamos muchas ocasiones, pero no estuvimos acertados. Queremos creer en nosotros mismos, mantener la calma y la concentración. Pero este resultado nos ayudará a ganar confianza.
“Tenemos muchas cosas en las que trabajar”
El entrenador del Southampton, Will Still, declaró a BBC Radio Solent:
Fue la misma historia en otro día. Deberíamos ir ganando 3-0, pero cometemos dos errores, defendemos mal y luego encajamos dos goles muy fáciles.
«No deberíamos haber estado en esa situación, deberíamos haber estado dos o tres goles arriba en este momento y hemos hecho todo lo que hemos podido excepto marcar.
«Tenemos muchas cosas en las que trabajar y muchas cosas que hacer bien, y la más importante de ellas es trabajar en meter el balón en el fondo de la red.
Entiendo la frustración de la afición. Así funciona el mundo: cuando no ganas, te presionas. No pasa nada si la afición se enfada conmigo si quiere desahogarse con alguien.