El internacional argelino sub-23 elevó el balón por encima de la barrera y superó al guardameta de los Hornets, Egil Selvik, que luego se retiró lesionado en el medio tiempo, para poner a los anfitriones en control.
Millwall tuvo un fuerte reclamo de penalti por una falta a Macaulay Langstaff que fue rechazado antes de que el portero de los Lions, Steven Benda, realizara una sensacional parada para evitar que Luca Kjerrumgaard del Watford igualara a quemarropa en el minuto 90.
El equipo de Alex Neil asciende a la mitad superior de la tabla, hasta el décimo lugar, mientras que Watford se ubica en el puesto 21 después de una racha de cuatro partidos del Championship sin ganar.
Millwall llegó al partido después de haber perdido sus dos primeros partidos de liga en The Den sin marcar un gol.
Pero la afición de los Leones no tuvo que esperar mucho para abrir su cuenta, y el número 10 lo hizo por todo lo alto.
Formose Mendy derribó a Derek Mazou-Sacko en el borde del área y Neghli, de 23 años, mostró finura y precisión para levantar el balón por encima de la barrera y dejarlo justo debajo del travesaño, más allá de la zambullida de Selvik.
El portero noruego chocó contra el poste al intentar atajar el disparo y tuvo que ser atendido. Tras seguir jugando inicialmente, no volvió a jugar en la segunda mitad y fue sustituido por Nathan Baxter.
A pesar de tener más el balón después del descanso, Watford no puso demasiado a prueba a Benda en la portería del Millwall, con Josh Coburn acercándose más en el otro extremo cuando disparó por encima desde seis yardas.
El feroz disparo desde lejos de Nestory Irankunda finalmente provocó una fuerte parada de Benda hacia el final.
En el otro extremo del campo, Langstaff no podía creer que el árbitro Josh Smith no hubiera señalado el punto de penalti cuando Kevin Keben pareció derribarlo en el área después de superar al defensor camerunés.
Millwall se mantuvo en defensa mientras el reloj avanzaba, pero Watford aún tuvo dificultades para inquietar realmente a Benda hasta el último minuto del tiempo reglamentario.
El remate instintivo del suplente Kjerrumgaard tras un córner estaba destinado al ángulo inferior, pero Benda se mantuvo firme para detenerlo y dejó a los Hornets de Paulo Pezzolano fuera de la zona de descenso solo en virtud de la diferencia de goles.